| Accession Number: ENCR40010138 |
Category: promoter; regulatory region |
| Cross-Ref: Regulatory_region_ID: RR_00034 |
Description: TSS position: -; CCNA leading gene: CCNA_00034 ; CCNA lagging gene: CCNA_00034 ; annotation of leading gene: SSU ribosomal protein S15P |
| Organism: Caulobacter crescentus |
RefSeq: NC_011916 |
| Condition: Rich medium |
locus_tag: - |
| Date: 2018/11/11 |
Reference: Christen B, et al (2011). The essential genome of a bacterium. Mol Syst Biol, 7:665. |
| Nucleotide sequence: UGGCCGACCUGCGCCGCACCCGGGUGGGCGGCUUCUCCGAGGCCUCGGCGAUAGCGCUGGAAACUCUGGAGAAUUUGAGCUAUGAGGCCCGGCUGUCGGAGGCAUUGCUUCCGGUCGAGACCGCGCUGGACGACAUCCCGGCGUUGGCCGUGACCGAUGAAGACGCCUUCCGGCUUGCACAGGGACGCGCCAUCGUCCUGCUUCCGCGUCAGGUGGAAACGUUGAAAGCCGAGCUUCCGCCCGGCGAUCGCACCGUUUCAGCCAUGUCCGGCGACAGGUUGGUGGCCCUGUGCGAGAUGCGCGCUGGGAAGCUCAAUCCCGUGCGGGUCUUCCAACUCACCUGAGCGGAGACAACCCG |
Results for minimum free energy prediction |
| The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of -162 kcal/mol is given below. |
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(-162.00)
[ VIEW IN FORNA ]
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Results for thermodynamic ensemble prediction |
| The free energy of the thermodynamic ensemble is -168.28 kcal/mol. |
| The frequency of the MFE structure in the ensemble is 0.00 %. |
| The ensemble diversity is 93.09 |
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[-168.28] |
| The centroid secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of -127.60 kcal/mol is given below. |
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{-127.60 d=62.81}
[ VIEW IN FORNA ]
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