| Accession Number: ENCR40130019 |
Category: rnpB |
| Cross-Ref: - |
Description: RNase P RNA component class A |
| Organism: Providencia stuartii strain BE2467 |
RefSeq: NZ_CP017054 |
| Condition: LB medium |
locus_tag: locus_tag:BGK56_RS16905 |
| Date: 2020/6/28 |
Reference: Johnson, A. O., et al. (2020). Transposon Insertion Site Sequencing of Providencia stuartii: Essential Genes, Fitness Factors for Catheter-Associated Urinary Tract Infection, and the Impact of Polymicrobial Infection on Fitness Requirements. Msphere, 5(21). |
| Nucleotide sequence: GGAGTTGGCTAGACAACCGCTGCTTTATCGTTGTCCTTTGGGAGACGGGTAGAGGGGAGGAAAGTCCGGGCTCCACAGGGCAGGGTGCCAGATAACGTCTGGGAGGCGCAAGCCTACGACTAGTGCAACAGAGAGCAAACCGCCGATGGCCTGTTTACAGGCTCAGGTAAGGGTGAAAGGGTGCGGTAAGAGCGCACCGCGCGGCTGGTAACAGTCCGTGGCACGGTAAACTCCACCCGGAGCAAGACCAAATAGGGGTTCATATGGTGCGGCCCGCATTGAACTCGGGTAGGTTGCTGGAGCCAGTGCGCAAGTGCTGGCCTAGATGAATGGTTGTCCACGACAGAACCCGGCTTATCGGCCGACTCCTCAA |
Results for minimum free energy prediction |
| The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of -150.60 kcal/mol is given below. |
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(-150.60)
[ VIEW IN FORNA ]
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Results for thermodynamic ensemble prediction |
| The free energy of the thermodynamic ensemble is -155.41 kcal/mol. |
| The frequency of the MFE structure in the ensemble is 0.04 %. |
| The ensemble diversity is 71.52 |
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[-155.41] |
| The centroid secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of -121.20 kcal/mol is given below. |
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{-121.20 d=48.85}
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