| Protein Id: YP_009755834.1 |
Length: 1361 aa |
| Description: spike glycoprotein Rodent coronavirus. |
Molecule type: linear |
| Data category: VRL |
Date: 15-Sep-20 |
| Source: Rodent coronavirus |
| Class virus: Coronaviridae |
Virus name: Rodent coronavirus |
| Host: Myodes rufocanus |
Authors: Wu;Z.; Lu;L.; Du;J.; Yang;L.; Ren;X.; Liu;B.; Jiang;J.; Yang;J.; Dong;J.; Sun;L.; Zhu;Y.; Li;Y.; Zheng;D.; Zhang;C.; Su;H.; Zheng;Y.; Zhou;H.; Zhu;G.; Li;H.; Chmura;A.; Yang;F.; Daszak;P.; Wang;J.; Liu;Q. and Jin;Q. |
| Title: Comparative analysis of rodent and small mammal viromes to better understand the wildlife origin of emerging infectious diseases |
Journal: Microbiome 6 (1); 178 (2018) |
| Taxonomy: Rodent coronavirus Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes; Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; Coronavirinae; unclassified Coronavirinae. |
| db_xref: """taxon:2050018, GeneID:54124705""" |
| Sequence: MIIIILSLLPTALAVIGDLKCTTVSINDVDTGAPSISTETVVVDKGLGTYYILDRVYLNTSLLLNGYYPTSGATFRNMALKATLLLSTVWFKPPFLSEFNDGIFAKVKNSKVVKNGITYSEFPTIVIGTSFVNTTYSIVVQPRTTVSNNKITGLLEISVCQYTMCEYPNTVCNEGLGSQRIENWHYESGIAPCIYLRNFTYNVDADWLYFHFYQDGGTFYAYYSDSGLATTFLFNVYLGTVLTYYYVMPLACNGAVQLEYWVTPLTKRQYLLVFDQKGTITDAVDCASDYMSEIKCGTQSVTPKTGVYELTGYTVQPIADVYRRIPNLPDCDMESWLNAPTVPSPINWERKTFSSCNFNMSSLLNRVQASSFTCNNIDASKFYGMCFGSITIDKFAIPLSRKVDLQLGSSGYLQNFNYRIDQSATSCQMYYGIPQNNVTVTKINPSGWNKRYGFENFKPLRSGSYGKHDVIFAQQCFNVPSDFCPCKLGCPTGTTNRPIVGTSTSGETLYDCPGDPMYSSGGSSCKQNKVTIGVGQHCPGIGVVEDRCAASMPGSTSFTCSCSNTQYDQATSAGSSYYWAWTGFSSGTCLSDGYCNIFANVLLNNVNSGSTCATDLQKPNTDIIVGVCVNYDLYGITGQGIFNEVKADYYNSWQNLLYDSNGVLYGFRDYQTNRTYMIRSCYSGRVSAAYHSDASEPALLYRNLKCSYVFNNSISRTASPINYFDSYLGCVVNADNNTQSVVGTCDLAMGSGYCVDYSKTRRAKRATSTGYGLTNFEPFTVALVNDSVKPVGGLYEMQIPSDFTIGNVEEFIQTSSPKVTIDCAAFVCGDYAACREQLVEYGTFCDNINAILSEVNNLLDTSQMQVSSALMNGVTLSTKLKDGIDFNVDDINFSSVLGCIGSDCSASGRSVIEDLLFNKVKLADVGFVEAYNNCTGGNEVRDLICVQSFNGIKVLPPLLSESQIGGYTTAATAATLFPPWTSAAGIPFYLNVQYRINGLGVTMDVLSENQKMIANAFNNALGAIQDGFDATNSALVKIQAVVNANAEALNNLLQQLSNRFGAISASLQEILSRLDTLEAQVQIDRLINGRLTALNAYVSQQLSDITLVKFSASQAIEKVNECVKSQSPRVNFCGNGNHILSLVQNAPYGLYFIHFSYVPTKYVTAYVSPGLCIAGDKGIAPKSGYFVRVNDKWMFTGSGYYYPEPITDKNVVMMSTCAVNYTKAPDVILNNTIPTLPDFKEELDQWFKNQTSTAPDLSLDLDYINITFLDLSNEISRIQEAIKVLNNSYINLKDIGTYEYYVKWPWYVWLLIGLAGVAVLVLLFFICCCTGCGSSCFKKCGGCCDDYGGHQELVIKTSHDD |
Nucleotide
| Nucleotide_Id: NC_046954.1 |
Length: 4086bp |
| Description: Rodent coronavirus isolate RtMruf-CoV-2/JL2014; complete genome |
Source: Rodent coronavirus |
| Nucleotide_type: RNA |
Molecule type: linear |
| Data category: VRL |
Date: 13-Nov-20 |
| Class virus: Coronaviridae |
Virus name: Rodent coronavirus |
| CDS: NC_046954.1:23757..27842 |
Host: Myodes rufocanus |
| Authors: Wu;Z.; Lu;L.; Du;J.; Yang;L.; Ren;X.; Liu;B.; Jiang;J.; Yang;J.; Dong;J.; Sun;L.; Zhu;Y.; Li;Y.; Zheng;D.; Zhang;C.; Su;H.; Zheng;Y.; Zhou;H.; Zhu;G.; Li;H.; Chmura;A.; Yang;F.; Daszak;P.; Wang;J.; Liu;Q. and Jin;Q. |
Journal: Microbiome 6 (1); 178 (2018) |
| Title: Comparative analysis of rodent and small mammal viromes to better understand the wildlife origin of emerging infectious diseases |
db_xref: taxon:2050018; GeneID:54124709; GeneID:54124709; GeneID:54124709; GeneID:54124704; GeneID:54124704; GeneID:54124705; GeneID:54124705; GeneID:54124706; GeneID:54124706; GeneID:54124707; GeneID:54124707; GeneID:54124708; GeneID:54124708 |
| Taxonomy: Rodent coronavirus Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes; Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; Coronavirinae; unclassified Coronavirinae. |
| Sequence: ATGATTATAATTATTTTGAGTCTTCTACCAACAGCGTTAGCTGTTATAGGGGACCTAAAATGTACTACTGTAAGCATTAATGATGTAGACACTGGTGCTCCTAGTATTAGTACCGAAACTGTTGTCGTAGACAAGGGTCTTGGTACGTATTATATACTAGACCGTGTCTATTTAAACACCTCACTGTTACTTAATGGTTATTATCCTACTTCAGGTGCCACATTTCGAAATATGGCTCTCAAGGCTACTTTACTATTAAGTACTGTTTGGTTTAAACCACCATTTTTATCCGAGTTTAACGATGGCATATTTGCCAAAGTTAAAAATTCAAAGGTAGTTAAAAACGGCATTACGTACAGCGAGTTTCCTACTATAGTTATTGGTACTAGCTTTGTTAATACCACATATTCTATAGTTGTGCAACCGCGTACTACCGTTTCTAATAATAAAATTACAGGTCTCTTAGAGATTTCTGTTTGTCAATATACTATGTGTGAGTATCCCAATACCGTCTGTAATGAGGGTTTGGGTTCTCAAAGAATAGAAAATTGGCATTATGAGTCTGGTATTGCACCTTGTATATACCTACGCAATTTCACATATAATGTGGATGCGGATTGGTTGTATTTTCATTTTTATCAAGATGGTGGTACTTTTTATGCGTATTATTCAGATTCAGGTCTGGCTACTACGTTTTTGTTTAATGTCTACCTTGGTACTGTGCTGACGTATTACTATGTAATGCCTCTGGCATGTAACGGGGCTGTCCAACTTGAGTATTGGGTTACACCTCTCACTAAAAGACAGTATTTACTTGTTTTCGACCAAAAGGGCACTATTACTGATGCTGTTGATTGTGCAAGTGACTACATGAGTGAGATTAAATGTGGTACCCAATCTGTAACACCTAAGACTGGTGTTTATGAACTTACTGGATACACAGTTCAACCCATTGCTGATGTATACAGACGTATTCCTAACCTCCCAGATTGTGATATGGAGAGTTGGCTTAATGCGCCAACAGTTCCCTCTCCTATTAACTGGGAGCGTAAGACTTTTTCTTCTTGTAATTTCAATATGAGCAGTTTGTTAAATAGAGTACAGGCTAGCTCGTTCACTTGTAACAATATTGATGCTTCCAAGTTTTATGGTATGTGTTTTGGCAGCATTACTATTGATAAATTTGCTATACCCCTTAGTAGAAAGGTTGACCTACAATTGGGTTCTTCAGGGTACTTACAAAATTTCAATTACCGTATTGATCAATCCGCTACGTCTTGTCAAATGTACTATGGCATACCTCAAAATAATGTCACAGTTACTAAGATTAATCCTAGCGGATGGAACAAACGTTACGGGTTTGAAAATTTTAAGCCACTACGTAGTGGTTCATATGGTAAACACGATGTTATTTTTGCACAGCAGTGCTTTAATGTACCCTCTGATTTTTGTCCTTGTAAATTAGGATGTCCCACTGGGACCACTAACAGACCAATAGTAGGCACCAGTACATCTGGTGAAACATTATATGATTGCCCTGGTGACCCTATGTATTCTTCTGGTGGTTCCAGTTGCAAGCAAAATAAGGTCACCATAGGAGTTGGACAGCATTGCCCAGGTATTGGTGTTGTTGAAGATCGTTGCGCTGCATCCATGCCAGGCAGCACTTCCTTCACTTGTTCTTGTAGCAATACTCAATATGACCAAGCTACTTCAGCTGGGTCTTCCTACTATTGGGCTTGGACAGGTTTCTCATCAGGCACTTGTTTGTCAGATGGTTACTGTAACATTTTTGCCAATGTTCTTTTGAACAATGTTAATAGTGGTTCTACATGTGCCACAGATCTACAAAAACCCAACACTGATATTATTGTCGGTGTTTGTGTTAATTATGACCTTTATGGTATAACAGGTCAAGGTATTTTTAATGAGGTTAAAGCTGACTATTACAATAGCTGGCAAAACCTCCTTTATGATTCTAATGGTGTGCTCTATGGTTTTAGAGACTACCAGACAAATAGAACATATATGATTCGTAGCTGTTATAGTGGTCGTGTTAGTGCCGCTTATCATTCAGATGCTTCGGAACCAGCATTGCTGTACAGAAATCTGAAATGCAGCTATGTTTTTAATAATAGTATTAGTAGAACTGCATCGCCTATTAACTACTTTGATAGTTATTTAGGCTGTGTTGTTAACGCTGACAATAATACTCAATCCGTTGTGGGTACTTGTGACCTAGCTATGGGTTCTGGTTATTGTGTTGATTATAGTAAAACCCGTCGTGCCAAACGAGCCACTAGTACGGGTTATGGTTTGACAAATTTTGAACCATTCACTGTTGCGTTAGTGAATGATAGTGTAAAACCTGTTGGTGGTCTGTATGAAATGCAGATTCCTTCAGATTTTACTATTGGTAACGTAGAGGAGTTTATTCAAACTAGCTCCCCTAAAGTTACTATAGATTGTGCTGCGTTTGTCTGCGGAGACTATGCGGCTTGTAGAGAACAATTGGTTGAGTATGGCACGTTTTGTGACAACATTAATGCCATACTTAGTGAAGTTAATAATTTGCTTGACACCTCACAGATGCAGGTGTCTAGTGCTTTGATGAATGGTGTCACCTTGAGTACAAAACTTAAAGATGGCATAGATTTTAATGTAGACGACATTAACTTTTCTTCTGTACTAGGATGCATTGGCTCTGATTGTAGTGCTAGTGGTAGGTCCGTTATAGAAGATTTACTTTTTAATAAAGTAAAATTAGCTGATGTCGGTTTTGTAGAGGCTTATAATAATTGCACAGGAGGCAATGAGGTTCGTGATTTGATTTGTGTGCAATCCTTTAATGGAATCAAAGTATTACCACCTCTCTTATCTGAAAGTCAGATTGGAGGTTATACTACTGCTGCAACCGCTGCTACATTGTTCCCACCATGGACATCAGCAGCTGGTATTCCATTTTATTTGAATGTTCAGTATAGAATTAATGGTCTTGGTGTAACTATGGATGTTCTTAGTGAGAACCAGAAAATGATTGCTAATGCATTTAACAACGCGCTTGGTGCCATACAGGATGGATTTGATGCAACCAATTCTGCTTTGGTCAAAATACAGGCTGTTGTGAATGCAAATGCTGAAGCTTTGAATAACTTGTTGCAGCAGCTTTCTAATAGATTTGGTGCAATTAGTGCTTCTTTACAAGAAATCCTATCTCGACTTGATACCCTTGAGGCACAGGTCCAGATCGATCGTCTTATTAATGGGCGTTTAACTGCTCTTAATGCATATGTCTCTCAGCAATTGAGTGATATTACACTTGTAAAATTCAGTGCTTCTCAAGCTATTGAGAAAGTAAATGAATGTGTTAAGAGCCAGTCTCCTAGAGTTAATTTCTGTGGTAATGGTAACCACATTTTGTCATTGGTACAGAATGCTCCATACGGACTGTATTTTATCCACTTTAGTTATGTGCCTACCAAATATGTCACTGCCTATGTTAGTCCAGGACTTTGCATAGCTGGAGACAAAGGAATTGCACCTAAGAGTGGTTATTTTGTCAGAGTTAATGATAAGTGGATGTTCACTGGTAGTGGTTATTACTATCCTGAACCCATTACTGATAAGAATGTTGTTATGATGAGTACGTGTGCTGTTAATTATACAAAAGCACCGGATGTAATACTGAACAATACAATACCCACTCTTCCTGATTTTAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAACCAAACATCCACGGCACCTGATTTGTCGTTGGATTTGGATTATATAAACATTACCTTCCTTGATCTGTCTAATGAAATTAGCCGGATTCAGGAAGCTATAAAAGTTTTAAATAATAGCTACATCAATCTCAAGGACATAGGTACATATGAGTATTATGTTAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTTCTCATTGGGTTAGCTGGTGTAGCTGTTTTGGTTCTATTGTTTTTCATATGTTGTTGTACAGGATGTGGAAGCAGTTGTTTTAAGAAATGTGGTGGTTGTTGTGACGACTATGGTGGACATCAGGAGCTCGTAATCAAAACTTCGCATGACGACTAA |